คณะวิทยาศาสตร์ก่อตั้งขึ้นพร้อมกับการจัดตั้งวิทยาลัยวิชาการศึกษาบางแสน เมื่อวันที่ 8 กรกฎาคม พ.ศ.2498 เริ่มแรกใช้ชื่อ คณะวิชาวิทยาศาสตร์และคณิตศาสตร์ มี 5 แผนกวิชา ได้แก่ แผนกวิชาคณิตศาสตร์ แผนกวิชาเคมี แผนกวิชาชีววิทยา แผนกวิชาฟิสิกส์ และแผนกวิชาวิทยาศาสตร์ ดำเนินการสอนวิทยาศาสตร์พื้นฐานให้กับหลักสูตรการศึกษาบัณฑิต (กศ.บ.) ร่วมกับคณะวิชาการศึกษา (ปัจจุบัน คือ คณะศึกษาศาสตร์) ผลิตระดับปริญญาตรีทางการศึกษา เพื่อไปเป็นครูวิทยาศาสตร์ในโรงเรียนมัธยมศึกษา

        ในปี พ.ศ.2517 วิทยาลัยวิชาการศึกษาได้รับการยกฐานะเป็นมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ วิทยาเขตบางแสน และคณะวิชาวิทยาศาสตร์และคณิตศาสตร์ ได้เปลี่ยนชื่อเป็น คณะวิทยาศาสตร์ โดยมี 6 ภาควิชา ได้แก่
        1. ภาควิชาคณิตศาสตร์
        2. ภาควิชาคหกรรมศาสตร์
        3. ภาควิชาเคมี
        4. ภาควิชาชีววิทยา
        5. ภาควิชาฟิสิกส์
        6. ภาควิชาวิทยาศาสตร์ทั่วไป

        ในปี พ.ศ.2519 คณะวิทยาศาสตร์ได้เปิดหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต (วท.บ.) และรับนิสิตเข้าศึกษาในหลักสูตรเป็นต้นมาจนจบมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ วิทยาเขตบางแสน ได้รับการยกฐานะเป็นมหาวิทยาลัยบูรพา เมื่อปี พ.ศ.2533 จนถึง 8 มกราคม พ.ศ.2551 มีฐานะเป็นหน่วยงานในกำกับของรัฐ ซึ่งไม่เป็นส่วนราชการตามกฎหมายว่าด้วยระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน กฎหมายว่าด้วยระเบียบบริหารราชการกระทรวงการศึกษาธิการ และกฎหมายว่าด้วยการปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม และไม่เป็นรัฐวิสาหกิจ ตามกฎหมายว่าด้วยวีการงบประมาณและกฎหมายอื่น ตามกฎหมายพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยบูรพา พ.ศ.2550 เล่ม 125 ตอนที่ 5ก หน้าที่ 8-34 ราชกิจจานุเบกษา 9 มกราคม พ.ศ.2551

        การแบ่งหน่วยงานในคณะวิทยาศาสตร์ มี 12 หน่วยงาน คือ

            1. สำนักงานคณบดี                                   2. ภาควิชาคณิตศาสตร์

            3. ภาควิชาเคมี                                         4. ภาควิชาชีววิทยา

            5. ภาควิชาฟิสิกส์                                      6. ภาควิชาจุลชีววิทยา

            7. ภาควิชาชีวเคมี                                     8. ภาควิชาวาริชศาสตร์

            9. ภาควิชาเทคโนโลยีชีวภาพ                      10. ภาควิชาวิทยาศาสตร์การอาหาร

            11. ภาควิชาวิทยาศาสตร์การแพทย์              12. ภาควิชาวิทยาการคอมพิวเตอร์

        โดยในปี พ.ศ.2552 ตัดโอนหลักสูตร วท.บ. สาขาวิชาวิทยาศาสตร์การแพทย์ ภาควิชาวิทยาศาสตร์การแพทย์ ไปสังกัดคณะสหเวชศาสตร์ (1 ตุลาคม 2552) และตัดโอนหลักสูตร วท.บ. สาขาวิทยาการคอมพิวเตอร์และเทคโนโลยีสารสนเทศ ภาควิชาวิทยาการคอมพิวเตอร์ ไปสังกัดคณะวิทยาการสารสนเทศ (16 ธันวาคม 2552) ปัจจุบันคณะวิทยาศาสตร์ประกอบด้วย 1 สำนักงานคณบดี และ 9 ภาควิชา